Hydro-Québec suivra la qualité des eaux souterraines et des eaux de surface aux environs du dépôt en tranchée de Wemotaci. Plusieurs paramètres seront suivis avant et après la mise en eau du bief de la Chute Allard.

À cause de son emplacement, le dépôt en tranchée ne respecte pas l'exigence habituelle de la réglementation en ce qui concerne le maintien d'une zone de transition. L'analyse des eaux souterraines et des eaux de surface montre par ailleurs des dépassements relativement à des critères et à des normes courantes et montre une certaine contamination du milieu environnant.

Quand le bief sera au niveau d'exploitation maximal, il sera en contact direct avec le dépôt, et une augmentation de la contamination des eaux souterraines et de surface pourrait en résulter.

Hydro-Québec a effectué en 2005 le régalage du dépôt après l'enlèvement de rebuts divers, a réaménagé la surface du dépôt en lui donnant une forme de dôme par déblaiement et remblaiement des sols et a rajusté le profil du fossé périphérique. Après l'ajout d'une couche de sol arable, le site a été ensemencé en 2006. Par la suite, une barrière rendra le site inaccessible et une affiche désignera les nouveaux lieux de récupération.

Le régalage et le recouvrement du dépôt visent à donner au site de meilleures conditions environnementales facilitant la stabilisation des contaminants. Ils permettent également de maintenir une zone de transition entre le dépôt et les eaux de surface. Ce réaménagement vise aussi à prévenir la contamination à la suite de la mise en eau du bief.

Le suivi sur une période de dix ans permettra d'évaluer les tendances ou les variations éventuelles de la qualité des eaux souterraines et des eaux de surface associées à la mise en eau du bief.